Президент Ильхам Алиев подписал Распоряжение «Об утверждении структуры Министерства налогов Азербайджанской Республики». Согласно Распоряжению структура Министерства налогов Азербайджанской Республики утверждена в следующей форме:

Аппарат Министерства налогов Азербайджанской Республики (главные управления, управления, отделы и подразделения).

Другие учреждения, входящие в структуру Министерства налогов: Главное управление национальных доходов; Главное управление предварительного расследования налоговых преступлений; Главное управление по контролю над импортно-экспортными операциями; Главное управление по контролю над оборотом акцизных и маркировочных товаров; Главное управление локальных доходов города Баку; Главное управление по работе с малым бизнесом города Баку; Call-центр (уполномоченное главное управление); Местные отделения (главные управления, управления и отделы).